V průběhu podzimu, kdy se postupně ochlazuje a ubývá potravy, vyhledávají vhodné úkryty na místech, kde teplota neklesá pod bod mrazu a jejich metabolismus a srdeční tep se výrazně zpomalí. V tomto stavu prakticky nepřijímají potravu a upadají do „zimního spánku“. Ten se obecně označuje jako hibernace, pro studenokrevné živočichy se někdy používá termín brumace (odvozený z latinského výrazu bruma = zimní slunovrat, zima). Na rozdíl od teplokrevných živočichů plazi rychleji reagují na změny vnější teploty a ze zimního spánku se tak snadněji probudí.
Užovka stromová volí jako nejčastější zimní úkryty štěrbiny ve skalách, dutiny stromů, ale také okolí lidských obydlí, například sklepy, staré seníky apod. V Poohří jsou také častým místem pro zimování užovek škvíry v suchých zídkách, proto je vhodné tyto zídky neopravovat spárováním, ale nechat je pokud možno v původním stavu.